Jan urodził się 20. grudnia 1576 w Skoczowie, ówczesnym księstwie cieszyńskim należącym do cesarstwa Habsburgów.  Ojciec Jana Sarkandra - Grzegorz Maciej - był narodowości czeskiej.  Matka - Helena Górecka - była Polką.  Oboje należeli do średnio zamożnej  szlachty.  Jan miał trzech braci: Wacława, Pawła i Mikołaja. Był spośród nich najmłodszy.  Ochrzczony został w Skoczowie, ale nie w kościele parafialnym, gdyż ten był zajęty wówczas przez protestantów, lecz w kościołku szpitalnym.

Kiedy Jan miał 12 lat stracił ojca i cały trud utrzymania rodziny spadł na matkę.  Czasy Kościoła Katolickiego były wówczas w Czechach bardzo trudne, większość bowiem ludności była husycka lub protestancka.  Aby dzieciom swoim zapewnić utrzymanie i katolickie wychowanie, matka przeniosła się z synami do Przybora (Freiberg) na Morawy.  Jan uczęszczał tam do katolickiej szkoły parafialnej, skąd udał się do jezuickiego kolegium w Ołomuńcu (1593).  Następnie na akademii w Ołomuńcu rozpoczął studia filozoficzne, by je kontynuować na uniwersytecie w Pradze.  Studia uwieńczył stopniem doktora.  W latach 1604-1608 odbył w Grazu studia teologiczne, z wyraźnym zamiarem poświecenia się na służbę Bożą, uwieńczone również doktoratem.  W roku 1607 przyjął święcenia kapłańskie niższe, a w roku 1609 otrzymał prezbiterat.  Miał wówczas 33 lata.

Biskup przeznaczył nowego kapłana na wikariusza do Jaktaru kolo Opawy.  Następnie powierzono mu podobne stanowisko w Uszczowie, gdzie został aresztowany pod zarzutem udzielania bratu Mikołajowi pomocy w jego ucieczce z więzienia.  W więzieniu w Kromieryzu spędził Święty osiem miesięcy.  Po uwolnieniu z wiezienia Jan wędrował po rożnych parafiach jako wikariusz.  Wreszcie w roku 1616 został mianowany proboszczem w Holeszowie, oddalonym 10 km od Ołomuńca. W ciągu jednego roku zdołał św. Jan przywrócić Kościołowi 250 innowierców.  To ściągnęło na niego prześladowania ze strony husytów i protestantów.  Doszło do tego, ze urządzano na niego zamachy. 

W tym też czasie rozpoczęła się Wojna Trzydziestoletnia (1618-48).  Z jednej strony walczyli sprzyjający protestantom książęta niemieccy oraz Szwecja, Dania, Holandia, Anglia, a nawet katolicka Francja.  Po stronie katolickiego cesarza stanęły Austria, Hiszpania i Polska.  Sejm w Pradze zdetronizował cesarza Ferdynanda II i obwołał królem Czech Fryderyka - kalwina, elektora palatynatu nadreńskiego.  Na Morawach uwięziono kardynała Dietricha i wielu kapłanów.   W ogólnym podnieceniu zaczęto napadać na katolików i zabierać im kościoły.  Podobna fala ogarnęła Węgry.  Właśnie w roku 1619 poniósł śmierć męczeńską bł. Melchior Grodziecki i jego dwaj towarzysze.  Radzono także proboszczowi w Holeszowie, aby opuścił na jakiś czas parafię i przetrwał okres burzy.

W tej sytuacji ks. Jan postanowił udać się jako pielgrzym do Częstochowy, gdzie spędził miesiąc.  Podczas drogi powrotnej, w Rybniku, dowiedział się, że luteranie zajęli kościół w Holeszowie.  Udał się więc do Krakowa, gdzie zamieszkał w jednym z klasztorów.

Na prośbę cesarza, by Zygmunt III przysłał mu jakąś pomoc wojskową, król polski przysłał Lisowczyków.   Dowodził nimi Aleksander Lisowski, znany awanturnik.  Kiedy znaleźli się na Morawach zaczęli palić miasta i wsie protestanckie, rabować i mordować.  Prawie równocześnie z nimi powrócił do Holeszowa św. Jan.  Padło podejrzenie, że to on sprowadził Lisowczyków.  Podejrzenie wzmógł fakt, że gdy Lisowczycy przybyli do Holeszowa, proboszcz wyszedł im naprzeciw z procesją i Najświętszym Sakramentem, aby w ten sposób zaznaczyć, że miasto jest katolickie, by je zachować przed grabieżą i spaleniem.  Tak też się stało - Lisowczycy od miasta odstąpili.

Na wiadomość o tym, co się stało w Holeszowie, samozwańczy król czeski Fryderyk V, urzędujący wówczas w Brnie, wydał rozkaz aresztowania Sarkandra.  Stalo się to 13. lutego 1620 roku.  Sąd odbył się jeszcze tego samego dnia.  Wśród obelżywości usiłowano wymusić na proboszczu przyznanie się do zdrady stanu i narodu przez sprowadzenie najeźdźców.  Chciano w ten sposób znaleźć powód do powszechnego prześladowania katolików.  Kiedy zaś kapłan nie chciał przyznać się do winy, której nie popełnił, zastosowano tortury.  Trwały one trzy godziny.  Kiedy odniesiono kapłana do więzienia był prawie martwy.  Ale Święty miał zdumiewająco silny organizm.  W więzieniu męczył się jeszcze miesiąc, zanim oddał ducha Bogu 17. marca 1620 roku, do końca nie przyznając się do niepopełnionej winy.

Św. Jan Sarkander zmarł mając zaledwie 41 lat życia i 11 lat kapłaństwa.  Dopiero po siedmiu dniach udało się katolikom wydobyć ciało Męczennika z więzienia.  Ubrano je w szaty liturgiczne i urządzono pogrzeb.  Protestanci jednak rozbili pochód.  Wreszcie, po długich zabiegach, udało się uzyskać zezwolenie na pochowanie Świętego w kościele Najświętszej Maryi Panny w Ołomuńcu.  Jego grób stał się celem pielgrzymek.

Papież Pius IX zaliczył Jana Sarkandra w poczet błogosławionych w roku 1859, a Jan Paweł II dnia 22. maja 1995 kanonizował Jana w jego rodzinnej miejscowości.